Oh, muitas pessoas pediram por isso, então, eu irei fazer ~ Eu espero que fique bom, por que eu não sou muito boa com explicações.

Bem, primeiro:
Que programa eu uso?
Gimp 2.8 (você pode baixar no site, é de graça! [link]
Mas você pode usar o Photoshop também, porque GIMP se parece com Photoshop, mas é de graça, mais simples e mais "light".

Eu irei explicar de um modo que seja possível fazer tanto no Photoshop quanto no GIMP, não muito detalhado, eu espero que você saiba o básico dos programas.

Ah! Tenha muita muita paciência! >//<
Imagens sobre o que eu estou falando em cada parte estarão ao lado direito do texto ou embaixo.

Começe com um documento de tamanho 100x100 px.
E crie uma "borda" (em outra camada) com o tamanho 50x50 então você pode ver se seu pixel art está do tamanho correto.

Agora você pode fazer o esboço com a ferramenta de lápis. É bom se você tiver alguma boa referência, ou saber como você quer fazer isso.
Referências¹ que eu recomendo estarão no final desse "tutorial".

Certo, começe com a lineart em uma nova. Eu já faço isso com as cores corretas, não só com preto ou uma única cor, se o cabelo é verde, a lineart do cabelo é verde escuro.
E sim, sem roupas. ~hee
Os olhos irão piscar, então, eu faço numa camada separada. E sim, eu amo fazer olhos, então é a primeira coisa!

Começe a colorir. EU AMO ISSO ~nyaa
Cores básicas primeiro! Eu uso muitas camadas para fazer tudo, então, sim, a pele é numa camada e o cabelo em outra.

Sombreamento. Eu faço isso do modo errado x) não é pixel art real, é somente pixel art "bonita".
Para modos corretos, veja tutoriais, como estes: Pixel Art Tutorial - Human and luvpixel Pixel Art Tutorial.
Para sombras, eu seleciono a cor, e uso a ferramenta de pincel, com as luzes é o mesmo, mas com uma cor clara,  e por último pequenos pontos brancos com a ferramenta de lápis.

Por último, escureça ou clareie a lineart onde for necessário e add um contorno branco de 1px (também em uma nova camada, abaixo de todas). - eu corrijo pequenos problemas nesta parte.

E salve a imagem terminada sem o fundo branco, e corte ela para o tamanho correto (50x50px)

Agora como animar isto no GIMP
Para animação no Photoshop veja aqui: [link]

Agora, duplique a camada que tem os olhos. Oculte a primeira camada e redesenhe os olhos e salve a imagem com um nome diferente (eu uso "1", "2"...). Assim:


Faça mais duas versões (em outras duas camadas), então você terá quatro imagens:


Animação agora! Abra as quatro imagens em um novo documento. Certo?
Ok, agora, coloque os milisegundos nas camadas, assim:

Vocẽ pode ver ela piscando no menu Filtros > Animação > Reproduzir
"Mas ela está piscando tão... mecanicamente e blergh D:"
Sem problemas ^w^
Duplique algumas camadas, e mude a velocidade, e TADAM ela está piscando muito melhor! Veja:

Clique na Gumi para ver quantas camadas eu uso.

Exportação e otimização.
Você precisa exportar como um gif animado:

Mas o deviantART não aceita avatar de gif com mais de 15KB ¬_¬'
Então você precisa otimizar isso! No mesmo menu Filtros > Animação > Otimizar (para GIF) e salve novamente como um gif animado.
Gumi era 27,3 KB agora é 5,1 KB!

Terminado!
Você deve ter um monte de perguntas pra mim, EU SEI eu explico MUITO MAL D: pergunte o que você quiser >//<

Eu espero ter ajudado você, e obrigada!

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¹ Boas referências: